Amasya’da İlhanlı Dönemi’nden günümüze ulaşan tek eserdir. Özellikle yapının ön cephesi sanat bakımından çok değerlidir. Sadece Amasya Bimarhanesi’ne mahsus bir özellik olarak kapı kilit taşında diz çökmüş vaziyette insan kabartması mevcuttur. Anadolu'da müzikle tedavi yapılan ilk hastane olarak bilinmektedir. Müzede, Fatih Sultan Mehmet döneminin önemli hekimlerinden ve 14 yıl boyunca başhekimlik yapmış Sabuncuoğlu Şerefeddin'in kendi yazmış olduğu ve ilk Türkçe cerrahi eser olan Cerrahiyyetü-l Haniye kitabındaki çizimlerden yola çıkarak yaptırılan 10 ayrı branştaki tıp ve cerrahi aletlerinin sergilendiği ve tedavi yöntemlerinin gösterildiği Sabuncuoğlu Salonu, cerrahi operasyon ve tedavilerin yapıldığı Sabuncuoğlu Kliniği ve o dönemki hastalara uygulanan müzikoterapide kullanılan musikinin temel aletlerini ve tedavide uygulanan Türk Musikisi makamları hakkında detaylı bilgi edinebileceğiniz Müzik Tedavi Salonu bulunmaktadır.