Amasya Müzesi 1928 yılında Sultan II. Bâyezid Külliyesinin bir bölümü olan medrese binasının iki odasında toplanan az sayıda arkeolojik eserler ile İslami devir mumyalarının bir araya getirilmesi sonucu "Müze deposu" olarak kurulmuştur. Daha Sonra eserlerin çoğalması ve teşhir edilecek yeni mekânlara ihtiyaç duyulması üzerine 1962 yılında Selçuklu döneminin anıtsal eserlerinden olan 1266-67 tarihli Gökmedrese Camii'ne nakledilmiştir.

1958 yılına kadar fahri memurlukla idare edilen müze aynı yılın haziran ayından itibaren Müze Müdürlüğüne dönüştürülmüştür. 22 Mart 1977 yılında yeni yapılan bugünkü modern binasına taşınmış ve 14 Haziran 1980 tarihinde ziyarete açılmıştır.

Çok sayıda medeniyete ait arkeolojik ve etnoğrafik eser ile sikke, mühür, el yazması ve mumyalar olmak üzere yaklaşık 22.500 civarında taşınır kültür varlığı ile bölgenin modern ve zengin müzesi olarak ülkemiz kültür ve turizmine hizmet vermektedir.