Hamamözü vadisinde yerleşim Hititler döneminin öncesine dayanmaktadır. Etilerin idari merkezi Hattuşaş ve Alacahöyük harabelerinin çok yakınında oluşu ve Kızılırmak´ın da yakınında bulunması yanında Eti medeniyetiyle ilgilenen uzmanların bu vadide gerekli arkeolojik incelemeleri yapmaları halinde pek çok hazinenin gün ışığına çıkacağı bir gerçektir.

Tarihte daha sonra Frigler, Kimmerler (Kuzey Kafkas), peşinden Romalılar bu bölgede görülmüşlerdir. Romalılar´ın büyük yerleşim merkezlerinden olan Hamamözü´nde Romalılar´dan kalma kaplıca, mezar taşları ve eski cami duvarlarında yazılı taşlara rastlanmaktadır. Bundan 30 yıl önce Batı Trakya´da görevli bir öğretmen vasıtasıyla adı geçen taşlardan bir tanesinin fotoğrafları çekilerek Yunanistan´a götürülmüş ve Roma tarihi uzmanlarına incelettirilmiştir. Yapılan tercümelere göre ilçemizin yerinde M.S. 50 li yıllarda Romalılar´a bağlı Paros tarafından üç kubbeli veya üç ayrı hamam yaptırılarak adına izafen (Poros) taşı kazılarak kaplıca duvarına konulduğu öngörülmüştür. Cami avlusundaki yazılı taşın ise M.S. 300 tarihinde ölen bir papaz kızının mezar taşı olduğu söylenmektedir. Yapılan bazı çalışmalar sonucu kaplıca çevresinde kubbeler ve kemerler ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca çevrede Romalılar´a ait büyük mezarlıklar bulunduğu da söylenmektedir. Yapılacak arkeolojik araştırmalar sonucu bunlara benzer pek çok tarihi vesikaları çoğaltılabileceğine inanıyoruz.

Büyük Selçuklu İmparatoru, Melik Şah´a bağlı kumandan Danişmend Ahmet Gazi 1075 yılında elli bin kişilik bir orduyla Tokat´ı ve daha sonra Amasya´yı ele geçirdikten sonra Çorum´u almak üzere yakın akrabası Çavlı Gazi beyi görevlendirir. Çavlı bey, Karatekin ve Serkes Ahmet Gazi ile Çorum üzerine yürür. Ancak o zamanın Çorum valisi Mastura Kastamonu´dan yardım talebinde bulunduğundan Çorum´u alamamıştır. Bunun üzerine Melik Ahmet Gazi otuz bin kişilik askeri ve üç kumandanı ile Çorum´u zapt eder. İltekin Gazi´yi yanına alarak, Osmancık´ı almak üzere Çorum´dan ayrılır. Çankırı yöresinin fethi içinse Çavlı ve Karatekin beyleri görevlendirir. Osmancık alındıktan sonra burasını Alayunt boyundan Osman Bey´e verir ve Osmancık´tan ayrılır ve ilçemiz Hamamözü üzerinden Gümüşhacıköy ve Merzifon´u alarak Amasya´ya döner. 2. Kılıç Aslan, Danişmendler´e 1095 yılında son verince Amasya´yı oğlu Melik Nizamettin Argun Şah´a devreder. Bu zamanlarda Danişmendler´den kalan yöremiz Argun Şah´ın mahiyetinde bulunan Arkut Bey´in himayesine verilir. Şu anda ilçemizdeki kaplıcalarımızın ilk onarımı bu devirlerde Arkut Bey tarafından yaptırılır. Buna izafen de kaplıcalarımıza ´´Arkut Bey Hamamı´´ denilmiştir. Daha sonra Osmanlı devrinde Hamamözü Gümüş´ün zenginlerinden Kamil ve İbrahim beylerin çiftliği haline getirilmiştir.

1991 yılına kadar Gümüşhacıköy’e bağlı bir kasaba iken, bu tarihten sonra ilçe olan Hamamözü’nden Adil Candemir ve Hamit Kaplan gibi dünya şampiyonu güreşçiler yetişmiş, şirin ilçemizin tanıtımında önemli rol oynamışlardır.

İlçemiz halen, Amasya´ya bağlı 1700 nüfuslu küçük ve şirin bir ilçedir. Toplam 18 köyü bulunmaktadır. Köyleri de dahil toplam nüfusu 6000 civarındadır.