Tarih boyunca Amasya ili gerek yerleşim yerlerinde, gerekse tarım arazisinde Yeşilırmak ve yan kollarının taşkınlarına maruz kalmıştır. Taşkınların etkisini il merkezindeki tarihi kalıntılar dan da gözlemlemek mümkündür. Buna en güzel örnek yöre halkınca Üç Medeniyet Köprüsü olarak adlandırılan Alçak Köprüdür. Yeşilırmağın taşkınları ve getirdiği malzeme ile yatak tabanında yükselme olmuş, köprü ayakları zamanla dolmuş ve köprü ayaklarında yükseltme ihtiyacı doğmuştur. Perspontus, Selçuklu-Osmanlı ve Cumhuriyet Döneminde ilave yapılar eklenerek köprü tabliyesi yükseltilmiştir. Bu üç ayrı yapıyı Alçak Köprü’de izlemek mümkündür.

    Amasya, tarihinde birçok taşkına maruz kalmış olup yakın dönemde can ve mal kaybına neden olan en büyük taşkın 03-06.Haziran 1948 deki taşkındır. Özellikle il merkezindeki Lokman Deresinin taşması ve malzeme getirmesi nedeniyle Amasya merkezde 155 kişi hayatını kaybetmiş, 95 ceset bulunmuş, 65 kişinin akibeti ise tesbit edilememiştir. Kelkit ve Yeşilırmağın birleşim yerindeki Kale Akım Rasat İstasyonu'ndan geçen debi 410 m3/sn tesbit edilmiştir.

    Yine 5 Nisan 1952 tarihinde Kale Akım Rasat İstasyonu'nda 1.560 m3 /sn tespit edilmiş, bu tarihte 3.000 vatandaş evsiz kalmış, Kızılay 350 çadır ve nakdi yardım göndermiştir. Ayrıca Ulusu bucağında 14 yaşında bir çocuk boğulmuştur.

    24 Mart 1954 Amasya Hükümet Köprüsü'nde ölçülen debi 620m3 /sn dir. Tarım arazileri su altında kalmış, çevre köylere Kızılay tarafından 250 çadır gönderilmiştir.

    5 Nisan 1967 ve 14 Mayıs 1967 tarihinde yaşanan taşkında, Hükümet Köprüsü'nden 5 Nisan’da 500 m3 /sn ve 14 Mayıs’ da 461 m3 /sn debi geçmiş, büyük boyutlu maddi zarar tespit edilmiştir.

    13 Mart 1968 tarihinde ise Hükümet Köprüsü'nde debinin 718 m3/sn olduğu tespit edilmiş, büyük boyutlu maddi zararın yanı sıra, 156 adet büyükbaş hayvan ve 270 adet küçükbaş hayvan ölmüştür. Ayrıca Maydanoz Köprü yıkılmış, Sultan II. Bayezid Külliyesi sular altında kalmıştır.

    30 Nisan 1975, 27-28 Nisan 1977, 26 Temmuz 1977, 3 Ocak 1979 ve 31 Ocak 1987, 12 Temmuz 1988, 18-19 Mayıs 1990, 26-27 Mayıs 2000 tarihlerin de ilde muhtelif taşkınlar meydana gelmiş ve mal ve can güvenliği tehlikeye düşmüştür.

    Amasya şehir merkezi içindeki Hükümet Köprüsü bugün ki şartlarda 800 m3/sn taşkın debisini geçirebilmektedir. Bu debinin yinelenme süresi 36 yıl olarak hesaplanmıştır. Çekerek Irmağı üzerinde inşaatı devam etmekte olan Süreyya Bey Barajı'nın tamamlanmasından sonra bu süre 133 yıl olacaktır. Zira Barajda 500 yıllık taşkın için hacim ayrılmaktadır.