Amasya ilinin en önemli akarsuyu Yeşilırmaktır. Amasya ili sınırları büyük oranda Yeşilırmak havzasında yer almakta olup, Gümüşhacıköy ilçesinin bir kısmı Kızılırmak Havzası'nda yer almaktadır.

Yeşilırmak :

    Sivas İli Suşehri İlçesi’nin güneybatısındaki Köse Dağları’ndan doğan Yeşilırmak 519 km uzunluğundadır. İl arazisine güneyden girerek Kayabaşı mevkiinde 256 km. uzunluğundaki Yozgat topraklarından doğan Çekerek Çayı ile Kayabaşı’nda birleşir. Amasya şehir merkezinden geçerek Ladik Gölü'nden çıkan Tersakan Çayı ve Taşova Erbaa sınırında Kelkit Çayı ile birleşerek Samsun il sınırları içinde Çarşamba’dan Karadeniz’e dökülür. Yeşilırmak nehrinin bu zamana kadar ölçülen maksimum debisi 1.914 m3/s, minimum debisi 1.83 m3/s ve ortalama debisi 121 m3/s dir. Yıllık toplam akım ise 5707x106 m3 tür. Taşkınlar genellikle mart, nisan, mayıs aylarında gerçekleşir. Amasya İl sınırları içinde kalan kısmı 129 km dir.

    Tokat’ın 35 km doğusunda Almus İlçesi’nin bulunduğu yerde Yeşilırmak üzerinde 80 m yükseklikte Almus Barajı, hemen sonra da Ataköy Barajı vardır. Ayrıca Çarşamba İlçesi’nin 40 km güneyinde Ayvacık’ta 175 m yükseklikte Hasan Uğurlu Barajı ve onun mansabında Balahor’da Suat Uğurlu Barajı mevcuttur.

Çekerek Irmağı :

    Sivas İli’nin 50 km kuzeybatısındaki 2500 m yükseklikteki Yıldız Dağları’ndan doğar, batıdan gelen Çorum Çayı ile birleşerek Amasya’nın 15 km güneyinde Yeşilırmak’a karışır. Çekerek Irmağı’nın uzunluğu 200 km, Amasya İl sınırları içinde kalan kısmı 45 km olup şimdiye kadar ölçülmüş maksimum debi 362 m3/s, minimum debi 0.09 m3/s, ortalama debi ise 20 m3/s dir. Yıllık toplam akım ise 842x106 m3 tür. Taşkınlar mart, nisan ve mayıs aylarında meydana gelmektedir. Önemli kolları Çorum ve Efennik Çaylarıdır.

    Çekerek Irmağı üzerinde özellikle Amasya İli’nin taşkınlardan koruması, enerji üretimi ve sulama amaçlı Süreyyabey Barajı inşa edilmektedir.

Tersakan Çayı :

    1.925 m yükseklikte Akdağ eteklerinden doğar, Ladik Gölü’nün fazla suyunu alarak Havza İlçesi’nden geçer ve Amasya İli içerisinde Yeşilırmak’la birleşir. Uzunluğu 100 km, Amasya İl sınırları içinde kalan kısmı 41 km olup şimdiye kadar ölçülmüş maksimum debisi 317 m3/s, minimum debisi 0.021 m3/s, ortalama debisi 3.96 m3/s'dir. Yıllık toplam akım ise 125x106 m3 tür. Taşkınlar genellikle mart, nisan, mayıs ve yaz aylarında sağanaklar nedeniyle olur.

    Tersakan Çayı’nın Şeyhsuyu, Gümüşsuyu, Derinöz ve Salhan çayı önemli kollarıdır. Bu kollar üzerinde Gümüşhacıköy Ovası, Merzifon Ovası ve Suluova yer almaktadır. Ayrıca Derinöz Çayı üzerinde Derinöz Barajı vardır.

Kelkit Çayı :

    Erzincan’ın kuzeybatısında 2600 m yükseklikteki dağlardan doğar. Doğu-Batı istikametinde Kelkit, Suşehri, Koyulhisar, Reşadiye, Niksar, Erbaa ilçelerinden geçerek Amasya-Tokat sınırında Yeşilırmak ile birleşir. Uzunluğu 400 km, şimdiye kadar ölçülmüş maksimum debisi 905 m3/s, minimum debisi 47 m3/s, ortalama debisi 70.5m3/s dir. Yıllık toplam akım ise 2526x106 m3 tür.

Destek Çayı :

    Karaömer Dağı ile Canik Dağları arasından akar Taşova’dan Yeşilırmak'a karışır. 35 kilometre uzunluğundadır. Minimum debisi 0,5 m3/sn. maksimum debisi 130 m3/sn. dir

Deliçay :

    Sakarat Dağı Buğalı Yaylalarından doğar Yeşilırmak'a karışır. 48 km uzunluğundadır. Minimum debisi 0,5 m3/sn. maksimum debisi 212 m3/sn. dir.

Kuruçay :

Yeşilırmağa akar. Amasya-Tokat il sınırındadır. Sakarat dağından doğar. 50 kilometre uzunluğundadır.

Gökdere Çayı :

Canik Dağlarından doğar. Taşova ilçesindedir. 40 kilometre uzunluğundadır.

Kavşak Çayı :

Tavşan dağından doğar Kızılırmak'a karışır. Sulama amaçlı Karadere Barajı vardır.

Hamamözü Çayı :

İnegöl dağından doğar Kızılırmak'a karışır.