Amasya hem Yeşilırmak Nehrinin ana kollarının birleştiği hem de dağların birleştiği bir noktada olması sebebiyle oldukça engebeli bir yüzey şekline sahiptir.
Deniz seviyesinden en yüksek noktası 2061 m. ile Akdağ Tepesi, deniz seviyesinden en düşük noktası ise 160 m. ile Taşova – Umutlu Köyünde Hasan Uğurlu Barajı’nın su toplanma alanının başladığı noktadır. Dağlar doğu batı istikametinde uzanır.
İldeki başlıca dağlar;
Canik Dağları:
Kızılırmak’tan başlayarak, Yeşilırmak ve Kelkit Çayı ile Karadeniz arasından Melet Irmağına kadar uzanır. Deniz seviyesinden en yüksek noktası 2.181 m Amasya ili sınırları içerisindeki en yüksek noktası 1.376 m ile Çalıca Tepesidir.
Karaömer Dağı:
Tersakan Çayı ve Destek Çayı ile Akdağ arsındadır. Kuzey Anadolu Fay hattı, Canik Dağları ile arasında sınırdır. En yüksek noktası 1.979 m ile Karaömer Tepesidir.
Akdağ:
Güneyi Yeşilırmak, kuzeyi Şeyhsuyu ve Kocaalan Çayı ile çevrilidir. En yüksek noktası 2.061 m ile Akdağ Tepesidir.
Sakarat Dağı:
Amasya Ferhatarası Vadisi'nden başlayarak Yeşilırmak ve Kelkit Çayı'nın arasından Köse Dağına kadar dayanır. En yüksek noktası 1.956 m ile Cami Tepesidir.
Sarıtaş Dağı:
Yeşilırmak ile Deliçay arasındadır. Deliçay'ın Yeşilırmak'a karıştığı noktada başlayıp Kuruçay'da biter. Deniz seviyesinden 1.159 m Sarıtaş Tepesi'dir.
Buzlu Dağ:
Zile ovası ve Çekerek Irmağı ile çevrilidir. En yüksek noktası 1.392 m ile Beşik Tepe'dir.
Karadağ:
Çorum Çayı ile Çekerek Irmağı arasındadır. Çorum Çayı'nın, Çekerek Irmağı'na aktığı noktada biter. En yüksek noktası 1.524 m ile Kuş Yuvası Tepesi'dir.
Çakır Dağı:
Çorum şehir merkezinden başlayıp Amasya Kalesi'ne kadar uzanır 1.375 m ile Yeldeğirmeni Tepesi'dir.
Eğerli Dağı:
Çorum ovasından başlayıp Merzifon ovasına kadar uzanır. En yüksek noktası 1.776 m ile Kaldırım Tepesi'dir.
İnegöl dağı:
Kuzeyi Kavşak Çayı, güneyi Hamamözü çayı, batısı Kızılırmak doğusu Gümüş ovası ile sınırlıdır. Deniz seviyesinden en yüksek noktası 1.873 m ile İnegöl Tepesidir.
Tavşan Dağı:
Merzifon Ovasıyla Kızılmak ve Kuzçayı ile sınırlıdır. En yüksek noktası 1.901 m ile Yuvalı Tepesi’dir.